Бадштубер выпускник футбольной академии «Баварии», играл за молодёжные команды «Штутгарта» и «Баварии», и очень быстро нашел себе место в основном составе мюнхенского клуба. Профессиональный дебют Бадштубера состоялся в июле 2007 года в домашнем матче первого тура вновь созданной третьей бундеслиги против клуба «Унион» из Берлина. После этого часть подготовки к следующему сезону провёл уже в составе «Баварии», с которой 1 февраля 2009 года подписал контракт сроком до 2011 года. Бадштубер - центральный защитник, который был задействован в любительском клубе ещё и как полузащитник, однако он также может сыграть на позиции левого защитника. Вместе с Бастианом Швайнштайгером он стал штатным пенальтистом в «Баварии», а также у него хорошо получается подавать угловые. Первый, и пока единственный, гол в бундеслиге забил 4 декабря 2009 года в домашнем матче 15 тура против мёнхенгладбахской «Боруссии», установив окончательный счёт поединка в пользу «Баварии», с которой в начале 2010 года продлил контракт до 2014 года.

Что касается карьеры на международной арене, то Бадштубер был членом юношеской и молодежной сборных Германии, а 29 мая состоялся его дебют уже во взрослой бундесмайншафт. В матче против сборной Венгрии он заменил Арне Фридриха. В отборочном турнире не играл.

Статистика:
Матчи: 2
Минуты: 166
Средняя оценка за матч: 5,5